Berdasarkan hasil musyawarah tokoh masyarakat, tokoh Agama dan Pemerintah Kecamatan Kasui (Bapak Hi. Mardik, Bapak Mardjan, Bapak Polanudin, Bapak Sukiyan, Drs. Hi. Bakrudin Arta selaku Kepala Madrasah saat itu dan lain-lain).
MTs Negeri 1 Way Kanan berdiri sejak tahun 1994. Dibawahnaugan Yayasan Al Fajar dengan nama MTs Al fajar Kasui. Madrasah Tsanawiyah Al Fajar Kasui adalah sebuah Yayasan Pendidikan dimana mempunyai program pendidikan dari tingkat MTs/SLTP dan SMK/SLTA yang bergerak dibidang Agama Islam dan bertujuan untuk menampung anak-anak putus sekolah serta anak-anak yatim/yatimpiatu. Akhirnya dengan kerja keras saling bahu membahu antara tokoh masyarakat, tokoh agama dan jajaran pemerintah kecamatan Kasui setempat ingin menegerikan salah satu tempat pendidikan madrasah tsanawiyah di kecamatan kasui dibawah naungan Kementerian Agama. Pada saat itu ada dua tempat pendidikan yaitu Pondok Pesantren Raudlatul Muta'allimin dan MTs Al Fajar hingga akhirnya berkat perjuangan tokoh masyarakat dan tokoh agama melalui Bapak Akrima Romli dan kawan-kawan tepatnya Pada tahun 1997 MTs Al Fajar menjadi MTs Negeri Kasui dan kini MTsN Kasui berdasarkan KMA tahun 2014 nama MTsN Kasui diubah menjadi MTsN 1 Way Kanan dengan status Akreditasi A. Semanjak dinegerikan MTs Negeri 1 Way Kanan telah mengalami beberapa kali pergantian kepemimpinan yaitu :
Kepemimpinan Madrasah
- DIDI ROSYADI, S.Ag (1997 s.d 2004)
- Drs. SAARI SANUSI (2004 s.d 2006)
- MUSRIANI, S.Pd.MM (2006 s.d 2014)
- HAYAMUDIN, S.Pd. (2015 s.d 2019)
- H. LUKMANHAKIM., S.Pd.,M.M (2019)
- Dr. ISMAIL FAHMI, S.Pd.,MM (2020 s.d 2022)
- M. NASIHIN HAQ, S.Pd.I.,MM. (2023 s.d Sekarang).